Es el más alto órgano en el orden administrativo y educativo de la Universidad. Es el estamento principal de direccionamiento y el encargado de la orientación estratégica de la Institución. A través de este se establecen las políticas generales en los campos académico, financiero, administrativo y de desarrollo. El equipo que lo conforma nombra al Rector, a los vicerrectores, al Revisor Fiscal y designa parte del Consejo Directivo. El Consejo Superior esta constituido por dos clases de miembros: honorarios y activos, todos ellos con voz y voto.
Sus funciones administrativas son las de tomar decisiones referentes al presupuesto de la Universidad; revisar la escala salarial del personal vinculado laboralmente; y crear y suprimir cargos administrativos, académicos y docentes. Además, en el orden académico, es el encargado de recomendar al Consejo Superior la creación de nuevos programas o la realización de modificaciones sustanciales en los existentes; establecer y mantener vigentes las becas para estudiantes, profesores, empleados e hijos de empleados; aprobar el estatuto profesoral; y nombrar o remover a los decanos de las escuelas, entre otras.
Lo integran seis miembros con voz y voto: presidente, vicepresidente y representante del Consejo Superior, representante de egresados con su suplente, representante de profesores con su suplente, representante estudiantil con dos suplentes. Así mismo, la Rectora, con voz y sin voto, y un secretario. Los representantes estudiantes se eligen por un periodo de un año y de los profesores por dos años, y pueden ser reelegidos. Esta convocatoria a las elecciones las hace la Rectora.
Es el estamento que orienta y evalúa la política académica de la Universidad. Trata temas referentes a los planes de estudio tanto de los pregrados como los posgrados, las modificaciones al Reglamento Estudiantil, la aprobación del calendario académico, los casos académicos y disciplinarios de los alumnos, las becas estudiantiles, la aprobación de la evaluación de profesores y el funcionamiento de los departamentos académicos, entre otras actividades.
El Consejo Académico está compuesto por las siguientes personas, que cuentan con voz y voto: la Rectora, los vicerrectores, el Secretario General, los decanos de las seis escuelas, el director de Direccionamiento Estratégico, el jefe de Admisiones y Registro, un representante de los profesores con su suplente, un representante de los profesores en el Comité de investigaciones con sus suplentes, y dos representantes de los estudiantes de pregrado con sus suplentes.
El Consejo Académico cuenta con el apoyo de los comités de Escalafón, de Investigaciones, de Admisiones y Registro, y Disciplinarios.
Es el encargado de velar por el desarrollo académico de la escuela. Tiene como funciones proponer al Consejo Académico planes de investigación, de desarrollo docente y de extensión, así como controlarlos y evaluar su cumplimiento; aprobar los programas de los cursos; sugerir estudios sobre la actualización de los programas; y proponer a las autoridades universitarias candidatos a estímulos y a distinciones. De igual forma, presenta al Consejo Superior la creación, la fusión o la suspensión de programas académicos.
En cada escuela existe un consejo, asesor del Decano e integrado por el Decano, quien lo preside; los jefes de departamento; un egresado graduado de la escuela y designado por el Decano que no esté vinculado laboralmente con la Universidad; dos representantes profesorales, todos con sus respectivos suplentes; dos representantes estudiantiles de pregrado de la escuela, un representante estudiantil de posgrado elegidos por los alumnos de la misma. Los elegidos deben cumplir los requisitos del representante estudiantil ante el Consejo Directivo.
En los comités de carrera se revisan y actualizan los microcurrículos de las materias del pregrado; y se atienden quejas y reclamos de estudiantes sobre la planta docente, reformas al pensum y, en general, todos aquellos temas relacionados con el mejoramiento continuo del programa académico. Participan dos representantes estudiantiles de pregrado con sus respectivos suplentes.
Revisar la clasificación de los profesores y estudiar los incrementos de puntajes; evaluar los méritos de los docentes para su ingreso al escalafón; y atender los reclamos de los profesores sobre su clasificación y calificación en dicho escalafón que deberán ser resueltos por el Consejo Directivo son algunas de las funciones de este estamento. Además, debe presentar cada semestre al Consejo Directivo un informe sobre el funcionamiento de todo lo relacionado con el Estatuto Profesoral. Participan dos representantes profesorales con sus respectivos suplentes.
Asesora al Consejo Directivo y la Rectora en los aspectos relacionados con la investigación en la Universidad; y evalúa los avances y resultados de los proyectos de investigación, además de hacer recomendaciones. También aprueba, de acuerdo con las propuestas presentadas por el Director de Investigación, los proyectos que se van a realizar. Participan tres representantes profesorales con sus respectivos suplentes.