La Universidad cuenta con un área de Auditoría Interna desde hace más de 35 años. Anteriormente esta área estaba conformada por un grupo interdisciplinario de cinco profesionales aproximadamente, con formación en diferentes áreas de conocimiento y con el apoyo de cuatro estudiantes de práctica. Para la época existía el control previo, el cual consistía en revisar transacciones relacionadas con facturación, pagos a proveedores, pagos de nómina, entre otras, antes de los respectivos desembolsos. Hasta el mes de octubre de 2017, el área estaba adscrita directamente a la Rectoría en línea staff.

Actualmente, el área está adscrita a la Vicerrectoría de Sostenibilidad y Proyección Social, conformada por dos profesionales. La actividad de auditoría pasó del control previo al control posterior, basado en la responsabilidad y capacidad de autorregulación de los responsables y líderes de procesos, así como de todos los integrantes de la comunidad universitaria. Como área de control, verifica y evalúa el cumplimiento de las normas, políticas y procedimientos, así como la efectividad de los controles internos establecidos en los procesos objeto de revisión.

La oficina de Auditoría Interna contribuye permanentemente con el fortalecimiento del sistema de control interno y del gobierno corporativo; hace parte del Comité de Auditoría del Consejo Superior que entró en funcionamiento a partir de mayo de 2019, así mismo, participa en otros comités de la Institución.

También es responsable de la administración de la Línea de Transparencia que se implementó desde el mes de septiembre del 2019.