• Esta máquina participó junto a otras de universidades, empresas e instituciones de México, Brasil, Argentina, Chile y Uruguay en el VI Simposio Latinoamericano de Computación de Alto Rendimiento 2013.
• El equipo, que llegó a EAFIT por una donación de la Universidad de Purdue como parte de la firma de un convenio de cooperación académica, ocupa el lugar número 11 entre los mejores de la región.
En el cuarto piso del bloque 19 de la Universidad se encuentra uno de los centros de computación científica más importantes de Latinoamérica y allí está Apolo, el supercomputador de EAFIT que fue clasificado en el puesto 11 del primer ranquin de computación de alto rendimiento de la región.
Esta noticia se conoció durante el VI Simposio Latinoamericano de Computación de Alto Rendimiento 2013 (HPCLatam, por sus siglas en inglés), que se realizó en la ciudad de Mendoza, Argentina, y que tiene como objetivo fomentar el crecimiento de esta comunidad de computación de alto rendimiento, a través del intercambio y la difusión de nuevas ideas técnicas y de investigación.
Este ranking, al que se presentaron 13 supercomputadoras, también contó con la participación de universidades, empresas e instituciones de México, Brasil, Argentina, Chile y Uruguay. De Colombia solo participó Apolo por una invitación que recibió el centro de computación científica de EAFIT.
“En América Latina el tema del supercómputo es bastante nuevo, por lo que todavía no llegamos a las grandes ligas. Por eso, distintas universidades de la región crearon este ranquin, primero en latinoamerica”, explica Juan David Pineda Cárdenas, coordinador técnico del centro de computación científica.
Juan David agrega que en el mundo existe el top 500 de grandes supercomputadores, pero Latinoamérica está muy lejos de alcanzarlo, por lo que se creó este top regional.
Apolo
Esta máquina cuenta con 160 procesadores distribuidos en 40 servidores de doble núcleo cada uno, un espacio físico dotado con un sistema de aire acondicionado y con capacidad para crecer cinco veces más, conectividad a través de la red Renata y tolerancia a fallas eléctricas.
El equipo, que EAFIT recibió por parte de la Universidad de Purdue, institución estadounidense que en la actualidad lidera la red Nano Hub, con más de 200 mil usuarios en el mundo, hace simulaciones que requieren grandes cantidades de recursos computacionales, básicamente para apoyar la investigación tanto en Antioquia como en todo el país.
Pero más que esto, Apolo también es capital humano. “Somos un equipo de trabajo integrado por estudiantes de pregrado, de maestría, docentes y empleados del Centro de Informática que apoya y asesora a los científicos para que ellos puedan utilizar la máquina y puedan optimizar sus simulaciones”, asegura el coordinador técnico.
Así mismo, Juan David explica que el problema reside en que los computadores actuales, si bien son más rápidos, no son suficientes para cierto tipo de problemas, por lo que se comenzaron a utilizar esquemas de programación paralela.
“Es decir, un solo programa que se ejecuta en muchos computadores al mismo tiempo, resolviendo distintas partes de un mismo problema. Esto nos lleva a que programas que se demoraban años en ejecutarse, ahora se demoren mucho menos”, dice.
Ejemplo de esto es el programa para la Erradicación y Control de Enfermedades Tropicales (Pecet), de la Universidad de Antioquia, que trabaja desde hace algunos años en la búsqueda de medicamentos cuyos efectos secundarios permitan ayudar a combatir la leishmaniasis.
Cuando esta institución comenzó a desarrollar el proyecto pensaban que iba a tardar 120 años, pero gracias al apoyo de IBM y de la vinculación del clúster computacional donado por Purdue, se estima que el tiempo se reducirá de 15 a 20 años.
Básicamente, este equipo permite trabajar con base a modelos de biología computacional. Se ingresaron 600 mil medicamentos con ciertas características y 4.300 proteínas, con la intención de encontrar cuáles de estos se acoplan y logran inhibir la manifestación de la enfermedad.
Y es que el principio fundamental de la supercomputación es que las tareas se puedan dividir y por ende se reduzcan los tiempos de cada proyecto. Así se propicia que el investigador se dedique más a la fase productiva y de análisis que a la operativa.
“De esta manera, con Apolo se busca continuar con el apoyo a la investigación, acelerando los procesos, de manera que el recurso computacional no sea una limitante, porque en últimas es el tiempo el que puede dar la posibilidad de publicación o, incluso, definir una patente”, admite Juan David.