La historia de la Institución en esta ciudad se remonta a 1989, cuando se hizo fundamental facilitar los procesos de trámites ante entidades estatales, así como estar más cerca de eventos de interés. Además, se vio necesario ampliar la oferta de seminarios y cursos de educación continua en general, lo que ha permitido mantener una relación más cercana con los egresados residentes en la capital de Colombia.
Por esto, desde 1998, existe como EAFIT Bogotá la estrategia universitaria que, desde sus instalaciones ubicadas en el norte (carrera 16 número 93-46), ofrece programas de posgrado, educación continua e idiomas. A su vez, con el Centro para la Innovación, Consultoría y Emprendimiento (Cice) se realiza transferencia de tecnología y conocimiento.